Приказом Управления здравоохранения области № 290 от 23.12.1992 г. на базе инфекционной больницы был организован городской центр вакцинопрофилактики. С началом работы центра стало возможным обеспечить организацию и контроль в проведении иммунопрофилактики у детей с отягощённым анамнезом и изменённой иммунореактивностью, уменьшить до минимума риск поствакцинальных осложнений и достигнуть должного уровня по охвату населения прививками против управляемых инфекций. Ежегодно в отделении иммунизируется более 8 тысяч детей области.
В отделении иммунопрофилактики работают высококвалифицированные врачи Тимофеева Татьяна Викторовна, Гооге Эльвира Гильдебертовна, Бахаева Елена Матвеевна. Врачи используют современные комбинации препаратов, зарегистрированные на территории Российской Федерации, но не входящие в национальный календарь прививок. Отделение иммунопрофилактики является передовой школой прививочного дела для медицинских работников Липецкой области. За последние годы увеличился перечень предоставляемых услуг, появилась возможность вакцинировать детей современными комбинированными препаратами, а также вакцинами, входящими в календарь прививок по эпидемическим показаниям.